脑腔隙梗塞最主要的病因是高血压性小动脉硬化，管壁呈纤维素样坏死和脂肪透明变性。有的可能是由微小动脉的粥样硬化，来自心脏或大动脉的栓子、血管炎、癌细胞等阻塞微小动脉所致。这种微小腔隙梗塞直径约为2-20mm。在病理检查时缺血坏死病灶在肉眼下呈针尖、米粒大小或稍大一些。梗塞区内神经组织坏死、软化时镜检可见不规则的小囊腔，内含组织小梁；囊壁内含脂质或含铁血黄素的吞噬细胞，周围有一层致密的纤维胶质。病变常见于大脑深部，如基底节、内囊、丘脑、桥脑基部或侧脑室体旁区。多发性的腔隙梗塞又称为腔隙状态。